《山居筆記》是餘秋雨在1992年至1994年間，全身心地用兩年多的時間創作成的，共十一篇文章。寫作期間，作者辭去了學院的職務，不再上班；同時寫作又與考察聯在一起，很多寫到的地方一去再去。

在作者的總體計劃上，這本《山居筆記》是他以直接感悟方式探訪中華文明的第二階段記述。第一階段的記述是《文化苦旅》，在那本書中，他揹負着生命的困惑，去尋找一個個文化遺蹟和文化現場，然後把自己的驚訝和感動告訴讀者。但是等到走完寫完，發覺還有不少超越具體遺蹟的整體性難題需要繼續探訪。作者將這些問題歸爲：對於政治功業和文化情結的互相覬覦和生死與共；對於文化靈魂的流放、毀滅和復甦；對於商業文明與中華文化的狹路相逢和擦肩而過；對於千年科舉留給社會歷史的功績和留給羣體人格的禍害；對於稀有人格在中華文化中斷絕的必然和祭奠的必要；對於君子和小人這條重要界線的無處不在和難於劃分。